Het werk aan het kasteel van Malbork begon in 1274 toen de Duitse Orde voor het eerst in Polen arriveerde op verzoek van de Poolse koninklijke familie om de heidense stammen in het gebied te helpen bekeren tot het christendom. Het duurde ongeveer 30 jaar om een klein bolwerk te bouwen genaamd St Mary's City (in het Duits: Marienburg).

In 1309 verhuisde de Grootmeester van de Orde, Siegfried von Feuchtwagen, zijn kantoor van Venetië naar het kasteel van Malbork, dat het kasteel en de omliggende stad veranderde in de hoofdstad van de Duitse staat. Nieuwe noden zorgden voor uitbreiding van het kasteel. Na bijna 40 jaar werd het oorspronkelijke bolwerk het binnenste hoge kasteel van het complex. Geflankeerd door grachten en muren, werd het de hoofdresidentie van de Duitse grootmeesters en topfunctionarissen.

De bouw van een lager kasteel, (The Bailey) begon in de 14e en 15e eeuw. Het bevatte een Karwan (wapenkamer), een opslagplaats voor graanschuren, evenals een St. Lawrence-kapel. Al deze gebouwen waren omringd door muren, torens en grachten en verbonden met de verdedigingsmuren van de stad.

Tijdens de Dertienjarige Oorlog van eind 1400 werd het kasteel van Malbork bezet door het Poolse leger en als resultaat van de ondertekening van de Vrede van Torun in 1466, werd het kasteel overgedragen aan Polen en bleef het in Poolse handen gedurende de volgende 315 jaar.

Met de afzetting van de Duitse nachten veranderde het kasteel van Malbork zijn functie van klooster naar fort. De Royal starosta (gouverneur) en zijn murgrabia (adjunct-gouverneur) werden de beheerders.

Tussen 1626 en 1656 werd het kasteel van Malbork bezet door Zweden en gaf koning Carl Gustaf opdracht om het kasteel te omgeven met grondwallen, waarvan nog heel weinig sporen bestaan. De Polen hebben het kasteel nooit veroverd - het werd opgegeven als een resultaat van een vredesovereenkomst getekend in Oliwa.

In mei van 1644 vielen de daken van High Castle en sommige van zijn galerijen in brand en werden vernietigd. In 1647 werd het dak van de kerk gerestaureerd en in 1675 stortte een deel van het gewelf in het kapittelhuis vanwege de trage herstelsnelheid in. In de 18e eeuw werd op bevel van koning Augustus II een nieuw dak boven het Hoge Kasteel gelegd.

In 1756-1767 werd een jezuïetencollege gebouwd. De jezuïeten begonnen vervolgens de kerk van de heiligste Maria van Maria te restaureren. Restauratie van het kasteel was beperkt tot de huidige reparaties.

Als gevolg van de verdeling van Polen in 1772 werd het kasteel van Malbork ditmaal bezet door het Pruisische leger. Het werd een barak en werd herbouwd om te voorzien in de behoeften van het leger. In 1799 gaf Frederik III opdracht de rol van het Hoge Kasteel te veranderen in die van een militair opslagdepot.

Na terugtrekking van de Napoleontische legers, in 1816, werd Administration for Restoration of Malbork Castle (Ger. Schloßbauverwaltung Marienburg) opgericht. Vanaf nu kwamen middeleeuwse kastelen onder de hoede van gevoelig voor schoonheid van de vestingrestaurants, en ze herstelden Malbork dynamisch naar zijn oorspronkelijke staat.

In 1881 besloot de Pruisische regering om de kerk van de heiligste Maria van Maria in het hoge kasteel te herbouwen. Restaurateurs hebben tot het begin van de Tweede Wereldoorlog voortdurend veel geld gekregen voor zorg en reconstructie van het kasteel.

De vlag van het Derde Rijk werd op 1 mei 1933 in het kasteel tentoongesteld en werd een plaats voor vieringen voor hoge officieren van de NSDAP-partij. Op 1 september 1939 was er een ceremoniële aankondiging van de terugkeer van de voormalige gebieden van West-Pruisen naar Duitsland. In mei 1940 werden kopieën van de vlaggen van de Duitse Orde - Banderia Pruntenorum - hierheen gebracht vanaf het kasteel van Wawel in Krakau.

Het kasteel werd zwaar beschadigd door oorlogsvoering in 1945, waarbij naar schatting 50% van het kasteel werd verwoest.

Vanaf de jaren vijftig werd de zorg voor het kasteel overgenomen door PTTK (Polish Tourist and Country Lovers Society).

In 1957 werd een viering gehouden die 500 jaar bevrijding van Malbork markeerde. Het doel was om de aandacht te vestigen op de overheid, de staat van het monument, die resulteerde in de oprichting van een kasteelmuseum op 1 januari 1961. In 1997 werd het complex ingeschreven op de UNESCO Werelderfgoedlijst.